جهت درمان شقاق باید سیکل درد، اسپاسم و ایسکمی شکسته شود. اولین قدم درمانی تجویز ملین هایی است که مدفوع را حجیم و شل می کنند و همراه با آن نشستن در لگن آبگرم را توصیه می کنیم.
در این مرحله درمان شقاق تجویز پماد آنتی هموروئید (حاوی مواد بیحس کننده ، کورتون و مواد نرم کننده می باشد) و یا ژل لیدوکائین می تواند کمک کننده باشد. اغلب موارد شقاق حاد با چنین درمانی بهبود می یابند. در صورتیکه پاسخ درمانی کافی گرفته نشد، و یا شقاق از نوع مزمن بود، می توان از داروهای دیگری استفاده کرد.نیتروگلیسیرین با همان مکانیسمی که عضلات صاف عروق کرونر را شل می کند می تواند عضله اسفنکتر داخلی را هم شل کرده و از اسپاسم خارج کند.پماد %۰٫۲ (دو دهم درصد) آن برای درمان شقاق استفاده می شود و معتقدند یک اسفنکتروتومی شیمیایی موقت ایجاد می کند، علاوه بر آن خونرسانی آنودرم را نیز افزایش می دهد. از معایب آن ایجاد سر درد است و بهتر است در حالت خوابیده استفاده شود. در ایران گاهی به اشتباه به بیمار پماد%۲ (دو درصد) داده می شود که سردرد بسیار شدیدی ایجاد می کند. پماد ایزوسورباید و یا دیلتیازم موضعی و خوراکی نیز می توانند با مکانیسم مشابه به درمان شقاق کمک کنند و سر درد هم ایجاد نمی کنند. درمان شقاق مزمن در حدود ۶۰% موارد موثر است.تزریق موضعی سم بوتولینیوم(بوتاکس) نیز با فلج موقت عضلات اسفنکتر داخلی, یک نوع اسفنکتروتومی شیمیایی موقت ایجاد می کند که می تواند باعث بهبودی شقاق شود. اما در دراز مدت تا ۴۱% احتمال عود وجود دارد.